《潜艇总动员》讲述的是两只实习小潜水艇阿力和贝贝的深海历险故事。这两个小伙伴在人类教练道哥的指导下，开始在神秘莫测的深海里执行巡逻任务。每天他俩都努力完成教练布置的各项任务，期待着有一天能够从实习生晋级为科研潜水艇。实习过程中，他们常常遇到各种险情，比如，教练道哥被卡在深海海底岩缝中，偶像德叔发动机发生故障掉进岩石里，飞机苏喜被浓雾围困等待紧急救援。

除了危机四伏，两个小伙伴也遇到了很多有趣的狼狈场面，搬运海参时被喷了一身稠糊糊的黏液，运送电鳗被电击得到处乱窜，而费好大劲建好的停靠站轰然倒塌变回一堆零件。阿力和贝贝的两个好朋友——水下脚踏车石头和他身上的寄居蟹布丁，也时不时地给阿力和贝贝帮倒忙。困难危机一次次考验着四个小伙伴的智慧和胆量，在战胜困难的过程中，他们增长了知识，积累了经验，增进了友谊，学会了合作，懂得了爱与勇气能够战胜内心的恐惧，也明白了只要肯努力，梦想终会成真。

由于国内动画市场的主要消费群体是儿童，与国际动画市场相比较为局限，制作人员总结了《魔比斯环》观众定位不清晰所造成的失误，集中迎合国内外儿童观众群。在角色性格塑造上，《潜艇》制作人员仔细揣摩了中国新生代青少年的心理特点，每个角色身上都蕴含着新生代的影子，人物性格和思维与现代的孩子十分接近。比如阿力聪明机灵，喜欢冲锋陷阵打头阵，却常常热心过了头，而贝贝则胆子小，有点害羞，但细心爱思考，常常冒出些好点子。
《魔比斯环》共耗资１．３亿元，４００多人制作时间长达５年。而《潜艇总动员》制作时间明显缩短，主要源于技术处理手段不似上一部电影那么复杂。《魔比斯环》的制作人员边制作边研发了两百多个电脑程序插件，制作《潜艇总动员》时，这些插件充分发挥了作用。为了实现电影的海底水下效果，制作人员又为潜艇们新研发了水泡效果插件，给观众呈现出水波荡漾的光影画面。
凭借《魔比斯环》的海外发行基础，《潜艇总动员》再度整合了国外资源，由海外发行合作机构直接负责中国之外的院线发行。深圳环球数码副总经理曹辉介绍，２００７年１２月《潜艇总动员》取得了国家广电总局的电影片准映许可证，国内的发行由中影集团与环球数码合作进行，已基本敲定３００多家影院将近７００块银幕。环球数码还在寻找其他渠道的发行伙伴，将实现网络、电视剧频道和音像、图书制品等多途径推广。



曹辉表示，《潜艇总动员》是环球数码继《魔比斯环》之后，重新审视三维动画电影市场的产物，也是创作团队不懈努力出品不同风格国产动画的成果。从样片观映效果来看，动画研究机构和金融投资机构都肯定了《潜艇总动员》在观众、风格、情节等方面的清晰定位。４月初举行的第四届文博会文化产权交易会上，深圳几家投资机构就抢先与环球数码达成了合作意向。曹辉预期电影票房应该不错，但对后续衍生产品寄予的期待更高。