一对年轻恋人，男的是潜水专家，女的却从没潜过水。他们来到水底，原计划男主角想向女友求婚，结果下到水底，发现很多古怪的东西，意外发生。之后，女主角躺在医院里，男主角失踪，她认为男友已经去世。但男友妹妹却相信哥哥还活着，她请来警察、潜水专家来帮忙，坚持要到水底去寻找哥哥……

《七剑》之后的徐克似乎想远离武侠，媒体连续爆出的拍片计划中从悬疑到女人戏，无不与武侠撇的干净。这部徐克雪藏三年之久，由香港影后李心洁、梁洛施及内地小生郭晓冬等共同出演的《深海寻人》，就是一部悬疑片。片中所有深海镜头均在日本冲绳岛的水底拍摄，开创了华语电影海底实景拍摄先河。剧组邀请到了有潜水经验的摄影师，包括灯光师，导演、演员的其他剧组成员也全都在水底工作。在拍摄前，没有经验的工作人员特别是演员要训练适应水底的工作环境，这对每一个人都是巨大的挑战。